染色質免疫共沉淀測序（ChIP-Seq）是指對染色質免疫共沉淀（ChIP）獲得的DNA的片段進行大規模測序，并能把所研究蛋白的DNA結合位點精確定位到基因組上。

　　RocheGSFLXTitanium、IlluminaHiseq2000和ABSOLID4這3種測序技術均可以用于ChIP-seq，其中采用IlluminaHiseq2000進行ChIP-Seq已有較多文獻報道。

　　ChIP-Seq技術高質量、高通量、低成本的數據產出，為表觀遺傳組學研究奠定了技術基礎。研究者可以在以下幾方面展開研究：

　　（1）判斷DNA鏈的某一特定位置會出現何種組蛋白修飾；

　　（2）檢測RNApolymeraseII及其它反式因子在基因組上結合位點的精確定位；

　　（3）研究組蛋白共價修飾與基因表達的關系；

　　（4）CTCF轉錄因子研究。

　　ChIP-Seq有什么樣品要求？

　　（1）請提供濃度≥10ng/ul、總量≥20ng、OD260/280為1.8~2.2的DNA樣品；若單次ChIP后DNA量不夠，建議將2~3次ChIP的DNA合并在一起。

　　（2）請提供DNA打斷時檢測膠圖，要求打斷后DNA電泳主帶在100-500bp范圍內；請對于ChIP獲得DNA設計引物進行QPCR驗證和定量，能夠提供檢測位點的檢測報告。附陽性和陰性對照。

　　（3）樣品請置于1.5ml管中，管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間，管口使用Parafilm封口。在運輸前將所有樣品管固定于50ml帶蓋離心管中，再將50ml管放在封口袋中。為了防止低濃度樣品黏附在離心管壁上，請使用non-sticktube運輸DNA；建議使用冰袋運輸，并且盡量選用較快的郵遞方式，以降低運輸過程中樣品降解的可能性。